La misión del Fideicomiso para la Agroecología será viabilizar la creación de zonas o cuencas agroecológicas resilientes en todo el archipiélago de Puerto Rico, en las cuales también se educará e investigará sobre la agroecología. A esos fines, será Misión del Fideicomiso poseer, custodiar y administrar todos los terrenos que se le transfieran y los bienes que adquiera en el futuro, para fortalecer la seguridad y soberanía alimentaria de Puerto Rico por medio de la agroecología y para el beneficio de quienes habitan y laboran en los terrenos del Fideicomiso, las comunidades vecinas, y la sociedad puertorriqueña en general. El Fideicomiso fomentará la gestión para la sostenibilidad ecológica, alimentaria, energética, hídrica y democrática de las comunidades. Potenciará así nuestras fortalezas para enfrentar eventos naturales catastróficos -como huracanes, terremotos o sequías prolongadas- desde la solidaridad y el apoyo mutuo.